合理的阵容搭配是提升战斗力的关键因素。游戏中的忍者分为不同属性和定位，包括输出、控制、辅助等类型，玩家需要根据忍者特性进行组合。核心思路是保证阵容的平衡性，通常建议包含1-2名主力输出、1名控制型忍者和1-2名辅助或防御型角色。同时要注意忍者之间的羁绊关系，例如鸣人、佐助、小樱组成的第七班羁绊能激活额外属性加成，这类组合在前期性价比极高。
游戏中的忍者站位布局直接影响战斗节奏，采用九宫格布阵系统时需要根据敌方阵容灵活调整。常规速攻型阵容建议将防御最高的伙伴放在前排1号位，主力输出集中在中排3号位，后排4号位放置辅助或远程型忍者。这种布局能快速对同路敌人造成高额伤害，但需要注意敌方控制型忍者的干扰，及时使用奥义技能打断关键敌方技能。对于查克拉消耗较大的阵容，可以搭配油女志乃等能夺取敌方查克拉的忍者来维持技能循环。
忍者的技能联动是阵容搭配的进阶技巧。追打技能需要特定攻击条件触发，因此要确保队伍中忍者的普攻和奥义能形成连贯的追打链。例如宇智波止水的奥义须佐能乎·御具有减少冷却回合的效果，配合千手扉间等多段普攻型忍者可快速积累尾兽点。被动技能如联军传递和战意连结能提供团队增益，选择这类辅助型被动可显著提升整体生存能力。同时要注意敌方的不良状态效果，偶数回合驱散类技能可以有效应对持续伤害。
输出型忍者推荐灵狐套装提升暴击伤害，防御型角色适合玄龟套装增加抗性，而辅助型忍者则可选择海兽套装增强治疗或控制效果。特殊词条如查克拉灼烧和金狐裂爪需要根据战斗节奏谨慎使用，避免因生命值消耗影响续航。随着游戏版本更新，新登场的SS级忍者如漩涡鸣人九喇嘛连结和宇智波止水须佐能乎往往具有更复杂的技能机制，需要优先了解其奥义触发条件和被动成长方式。
