三岛剧情是通关后的重要内容，玩家需要按照特定流程才能返回初始岛屿。首先确保已完成主线剧情并获得全国图鉴升级至386版，这是触发三岛剧情的前提条件。通过枯叶市的港口乘坐圣安奴号游轮可抵达一岛，若已获得船票则直接登船即可。在一岛的火焰山右侧山洞击败火箭队员并取得红宝石后，将其交给博士即可解锁后续岛屿通行权限。
从一岛返回初始区域需注意交通工具的使用规则。完成红宝石交付任务后，博士会提供七岛船票，可自由往返各岛屿。若需快速回到真新镇，最便捷的方式是通过飞空术直接飞往常磐市或华蓝市，再步行返回。若未学习飞空术，则需依次乘船回到枯叶市，经由地下通道或11号道路绕行。部分玩家可能因剧情进度限制暂时无法使用飞空术，只能依赖船只往返。
三岛区域的地形和剧情节点需要特别注意。在四号岛冰洞获取登瀑布技能后，务必保留至少一个会冲浪和攀瀑的宝可梦在队伍中，否则将无法通过某些水域障碍。五号岛的老伯赠送的波克比蛋需孵化后才能用于后续迷宫探索。六号岛南部的石门需使用居合斩开启，建议提前准备相应技能机。这些关键道具和技能直接影响返回路线的畅通性。
游戏机制上存在部分不可逆的剧情设定。三岛并非只能访问一次，通关后仍可通过电系道馆所在港口的船只反复往返。若遇到无法登船的情况，需检查是否已完成当前岛屿的主线任务，例如击败火箭队或交付特定物品。系统默认允许玩家在七个岛屿间自由移动，但部分支线任务如迪奥西斯捕捉事件会暂时改变岛屿地形，需完成事件后才能恢复常规通行。
在进行跨岛屿移动前务必手动存档，避免因突发战斗或剧情卡顿导致进度丢失。游戏内时间系统不会影响船只运营，但部分昼夜事件可能改变NPC位置。若始终无法找到返回方式，可查阅菜单中的航海日志确认当前任务目标，系统通常会给出下一步的明确指引。掌握这些要点后，玩家能更高效地规划三岛与初始区域间的移动路线。
